Diberi nama Monumen Jogja Kembali karena monumen sekaligus museum ini dibuat untuk mengenang sejarah perjuangan rakyat Indonesia atas ditariknya pasukan tentara Belanda dari Yogyakarta yang saat itu menjadi Ibu Kota, mengembalikan fungsi pemerintahan Indonesia, dan kembalinya Presiden Soekarno serta Wakil Presiden Mohammad Hatta di Jogja.